Два типа операций с ЭД – базовые операции и криптографические операции постановки / снятия подписи – предполагают два уровня прав доступа пользователя к действиям с ЭД: права на доступ к документам и права подписи. Права доступа к документам одинаковы для всех авторизованных (выполнивших вход в систему) пользователей данной организации. Права подписи определяются для каждого пользователя индивидуально. В результате этого все пользователи одной организации равны в доступе к ЭД и базовым действиям с ними, но некоторые пользователи могут иметь отличные от других права на подписание определенных ЭД. Например, один из таких пользователей может иметь право постановки под некоторым ЭД первой подписи, другой – только право второй подписи, третий вообще иметь возможность сформировать данный ЭД, но не подписать его.

В системе существуют описания используемых в ней наборов прав пользователей на выполнение криптографических операций – средства подписи. Чтобы система знала, каковы права подписи данного пользователя – этому пользователю ставится в соответствие определенное средство подписи из числа зарегистрированных в системе. Иногда одному пользователю может предоставляться несколько средств подписи и, соответственно, выдаваться несколько комплектов ключей ЭП.